يعمل مجلس إدارة نادي الفجيرة الرياضي على الاهتمام بالنش منذ الصغر لتقوية منظومة التفوق الكروي والنجاح من خلال الاهتمام بالأكاديميات ووضع البرامج التدريبية لاكتشاف وصقل مهارات المواهب الصغيرة

حيث تم تاسيس اكاديمية الفجيرة لكرة القدم والتي تتمتع باعلي معايير البنية التحتية والبيئة الملائمة لرعاية وتعليم اللاعبين الصغار، كالمرافق التدريبية والترفيهية وما لا يقل عن (4) ملاعب للتدريب خاصة بكرة القدم وصالة للياقة البدنية مزودة بالأجهزة متعددة الأغراض وأخرى للعلاج الطبيعي.

وتعد اكاديمية الفجيرة لكرة القدم هي الاولي من نوعها في المنطقة الشرقية والتي تتيح لجميع الجنسيات الانضمام اليها مقابل اشتراك شهري رمزي

 كذلك تهتم اكاديمية الفجيرة لكرة القدم باتباع افضل طرق تدريب اللاعبين الصغار وكذلك وجود مدربين ومدير فني للاكاديمية حاصلين على اعلي الشهادات التدريبية